Le choix :

Wavosaur (Windows)
Peu connu, mais le meilleur du gratuit dans cette catégorie.
+ bon support des plugins VST, enveloppes de volume, support des fichiers multicanaux, support ASIO, interface classique mais claire
- qualité du rééchantillonnage, mises à jour ?

Les autres :

Audacity (Linux, Windows et Mac OS)
On ne le présente plus tellement il est omniprésent dans toutes (ou presque) les salles de cours. Ses possibilités d'éditions sont bonnes, mais sa gestion des fichiers assez "spéciale", la compatibilité avec les plugins en dehors de Linux franchement mauvaise, et l'ergonomie, comment dire ?...
+ multiplateforme, affichage spectral, nombre de traitements intégrés
- interface un peu lourde, pas de réel support des plugins sur Windows et Mac OS

Ocenaudio (Linux, Windows et Mac OS) sera un bon challenger dès qu'il disposera d'un peu plus de fonctions d'édition.

Et aussi : Free Audio Editor (W), QuickAudio, ReZound (L), SoundEngine Free (W), WaveThunder (W), etc.

Les logiciels commerciaux : Acoustica (w), Amadeus (M), DSP-Quattro (M), Peak (M), SndSampler (M), Soundbooth (M, W), SoundEdit Pro, Soundforge (W), Twisted Waves (M), Wave Editor (M, W), Wavelab (M, W) etc.

Le choix :

Reaper 4.21 (Windows, Mac OS + Linux)
Contrairement à la majorité des logiciels présentés ici, Reaper n'est pas gratuit ! Il coûte environ 43 euros, ce qui est d'une certaine manière "donné" en regard de ce qu'il propose. Néanmoins, comme son utilisation d'essai (non limitée dans les fonctions) n'est dans la pratique pas limitée non plus dans le temps (une simple fenêtre de rappel avec un décompte lors du lancement), il est tout à fait possible de l'utiliser gratuitement et en toute légalité aussi longtemps qu'on le souhaite sans bourse délier. Attention : ceci ne constitue évidemment pas un encouragement à ne pas l'acheter (au contraire, car l'essayer c'est l'adopter !), mais donne néanmoins accès à des structures qui ne disposent pas de crédits, à un logiciel à la fois professionnel et très simple d'utilisation, aux possibilités égales ou supérieures aux grands noms de cette catégorie.
+ l'étendue des possibilités globales, l'interface et l'ergonomie, la personnalisation poussée, l'utilisation des ressources, le mode "free position", les effets sur les objets, le multicanal, le développement rapide, la légèreté, le fonctionnement sous Linux avec Wine, le support utilisateurs, la version française
- l'édition de l'automation perfectible, pas de banques d'échantillons prêts à l'emplois (mais est-ce un manque ?), (pas d'éditeur de partition intégré)

Les autres :

Ardour 2.8 (Linux et Mac OS)
C'est un excellent multipiste, très "pro" dans sa conception, mais aussi très rigide dans son fonctionnement.
La version 3 intégrera le MIDI.

Podium Free (Windows)
Une interface très peaufinée mais un peu lourde, des possibilités intéressantes mais des manques importants, Podium, que ce soit dans sa version complète ou gratuite est plein de contradictions, mais vaut la peine d'être essayé.

TrakAxPC (Windows)
Cette petite application méconnue dispose pourtant de nombreuses qualités, la principale étant certainement sa simplicité d'utilisation. Evidemment, il manque aussi des fonctions importantes, comme le support des plugins VST (seuls les DX sont reconnus).
C'est également un logiciel de montage vidéo, ce qui peut être intéressant...
+ objets d'effets avec enveloppe, enveloppe de pitch, edition vidéo simple
- pas de fondus-enchainés, plugins DirecX uniquement,
http://www.trakax.com/software/pc/features/
http://www.trakax.com/software/support/french_video_tutorials_resources/ 

Et aussi : Audacity, Jokosher (L,W), Kristal Audio Engine (W), LMMS (L,W), Macaw (W), Mu.Lab Free (M,W), Music Studio Producer (W), Muse (L), Rax'nTrax (W), Rosegarden (L), Temper (W), Traverso (L,M,W), QTractor (L) etc.

Les logiciels commerciaux : Acid (W), Amadeus Pro (L), Audition (M,W), Cubase & Nuendo (M,W), Digital Performer (M), EnergyXT (L,M,W), FL Studio (M,W), Intuem (M), Live (M,W), Logic (M), Ntrack Studio (M,W), Podium (W), Protools (M,W), Pyramix (W), Samplitude & Sequoia (W), SAW Studio (W), Sequel (M,W), Sonar (W), Soundtrack Pro (M), Studio One (M,W), Tracktion (M,W), XO Wave (M), etc.

Le choix :

Usine Free 5.7, programmation, hôte, séquenceur multipiste et jeu (Windows)
Les quelques limites de la version gratuite (pas d'édition possible des sub-patches) n'enlèvent en rien la richesse... et la complexité d'Usine.
+ des possibilités extrêmement vastes pour toutes les situations, support du multitouch dans Windows 7
- une ergonomie perfectible, complexité inhérente à ce genre d'application

Les autres :

Synthedit, programmation et hôte (Windows)
La version gratuite présente quelques limitations quant à l'exportation des plugins, mais sinon elle est tout à fait fonctionnelle
Pour les "vrais" programmeurs, Synthedit dispose d'un outil de développement qui permet d'écrire ses propres extensions
+ interface un peu vieillotte mais simple et logique, énorme quantité de modules additionnels gratuits, hôte VST, exportation de plugins VST
- certaines actions répétitives et fastidieuses...

Sonicbirth, programmation (Mac OS)
Il présente à la fois des fonctionnalités très avancées, voire inédites, et . Bien qu'il soit passé en open-source depuis quelques années, son développement semble arrêté.
+ la seule manière sur Mac OS de créer "facilement" des plugins, de bonnes idées, export VST et AU
- une interface assez peu pratique, aucune possibilité pour placer des éléments graphiques dans des sous-ensembles, pas d'automation interne, plus aucun développement depuis plusieurs années
http://sonicbirth.sourceforge.net/

PureData, programmation (Linux, Windows et Mac OS)
Pour ceux qui recherchent une application pointue pour réaliser des traitements audio qui ne le sont pas moins... La plupart des choses peuvent être réalisées plus simplement dans Synthedit, mais PureData et d'être très proche de Max/Msp (programmé initialement par Miller Pucket également).
http://puredata.info/

VSTHost et SAVIHost, hôtes (Windows)
VSTHost
SAVIHost quant à lui est un outil indispensable qui permet en quelque sorte de "transformer" un plugin instrument en application autonome. C'est quelque chose de précieux pour une utilisation en salle informatique par exemple, car il n'y a pas besoin d'installer quoi que ce soit et .
http://www.hermannseib.com/english/vsthost.htm /
http://www.hermannseib.com/english/savihost.htm  

Et aussi : Air Rack (W), Buzz (W), Cantabile Lite (W), CPS (M,W), DarkWave Studio (W), LiveProfessor, Macaw (W), CSound, Super Collider (L,M,W), Synthmaker Free (W), Psycle (W), Rack Performer, etc.

Les logiciels commerciaux : Audiomulch (M,W), Bidule (M,W), Cantabile (W), Console (W), Max/Msp (M,W), Reaktor (M,W), EnergyXT (L,M,W), Maize Studio (W), Synthmaker (W), etc.

Synthèse additive et traitement FFT :  on pourrait appeler ça "sculpture et peinture de matière sonore".

AudioPaint (Windows) :

Coagula Light (Windows) : Il propose le même genre de chose que le logiciel commercial "Metasynth" sur Mac : dessiner des spectres avec des outils graphiques (brosses, vaporisateurs etc...), ou importer des images et les synthétiser par synthèse additive. L'interface est certes moins originale que son confrère (et les fonctions moins puissantes) mais ça plutôt marche bien. En fait, passés les premiers temps de découverte, on s'apperçoit vite qu'une certaine connaissance des phénomènes sonores est indispensable sous peine de répéter sans cesse les mêmes gargouillis. Il n'avait pas évolué depuis assez longtemps et il ne lui manque que l'analyse des sons pour être complet (voir Bitmap Player).
http://hem.passagen.se/rasmuse/Coagula.htm 

SPEAR (Windows et Mac OS) : sans atteindre les possibilités d'édition du logiciel commercial AudioSculpt, SPEAR permet très simplement de retoucher un son en accédant directement à chacun de ses partiels. C'est un travail qui peut être long, mais aussi passionnant, et on a vite fait de transformer un son bien solide en une pâte dégoulinante :
http://www.klingbeil.com/spear/  

VirtualANS
http://www.warmplace.ru/soft/ans/index.php 

Trois petits programmes originaux de Victor Khashchanskiy. Je conserve ces pépites précieusement depuis des années, et heureusement, car elles sont devenues introuvables sur le Net... Les deux premiers complètent parfaitement AudioPaint et Coagula. (liens de téléchargement directs)

Bitmap2Wave : cet étonnant petit programme permet de convertir un son en spectre graphique (sonagramme) que vous sauvegardez en tant qu'image, puis de le resynthétiser selon différentes méthodes. Il y a en outre plein d'autres fonctions comme la convolution ou la modélisation, tout cela sans aucun mode d'emploi hélas...

Sound2DWarper : il applique à l'image spectrale d'un son le traitement bien connu dans les logiciels de traitement d'image, si populaires pour faire des caricatures bon-marché... Ici, le procédé est extraordinairement créatif et à ma connaissance sans aucun équivalent, et l'utilisation simplissime.

Draw The Sound permet de synthétiser des séquences en dessinant simplement des courbes d'intensité, de fréquence , de "distorsion" et de modulation, qui sont ensuite temporellement interpolées : c'est plus facile à utiliser qu'à expliquer... Ce qui peut paraître un peu gadget au premier essai se révèle finalement très intéressant et très pédagogique.

Logiciels commerciaux : HighC, Metasynth, Photosounder...

Synthèse modulaire

Freewares : Analog Box 2, SynFactory, WaveFM,

Commerciaux : Tassman, Vaz,

Et aussi : Caotica, Granulab, Super Collider,

 Traitements

Paulstretch 2 : il n'a pas son pareil pour tirer des montagnes d'une souris, ou autrement dit pour obtenir des textures infinies à partir de quelques secondes de son
(version 1 pour Mac)

Hourglass : traitement granulaire, brassage etc. avec de grandes possibilités d'enveloppes et d'automation

IXI Software : un ensemble de petites applications inclassables, souvent originales

Plugins instruments

Plex 2 :

ZynAddSubFX :

 http://www.discodsp.com/highlife/ :

 http://www.kotkasuniverse.com/paax_download.htm

 http://www.cakewalk.com/support/project5/sfz.aspx :

 http://www.chineekong.com/chineeguzhengclassic.htm

http://tx16wx.blogspot.com/

Plugins d'effets

Bluecat Audio Free Bundle : http://www.bluecataudio.com/Products/Bundle_FreewarePack/

Voxengo Free

Antres Modern Plugins

TobbyBear Deconstructor : alors là, il y a peu de plugins créatifs et celui-ci s'impose comme un des plus intéressants (et des plus curieux) : il découpe en huit l'entrée audio et applique sur chacune différents traitements (hauteur, filtrage...) et permet de les permuter et autres joyeusetés. Et pendant que vous y êtes, téléchargez également tous les autres plugins de Toby BEAR, indispensables !

PianoVerb : pour retrouver la sonorité des résonnances de la table d'harmonie du piano... Eh oui, certains acousmates ont utilisé jadis cet effet (Henry, Reibel... et pratiquement tous les étudiants en acousmatique de CNR de Lyon qui ont torturé ce pauvre piano dans la cabine de prise de sons !). Ça ne remplace pas un vrai, mais ça l'abîme moins en VST...

Contrôleurs

MidiPlanes : six contrôleurs XY

MCC : surface de contrôle MIDI

Séquenceurs : les "simples" séquenceurs, qui ne s'occupent pas d'enregistrer et de lire des fichiers audio mais uniquement du MIDI, sont aujourd'hui pratiquement introuvables. Par contre, quasiment tous les multipistes permettent d'enregistrer et d'éditer des séquences MIDI. Je vous renvoie donc à la section consacrée aux multipistes...

Rosegarden (Linux) :

Génération algorithmique

Freewares : Autogam, Living Melodies, Fractmus,

Commerciaux : Noatilk, ArtWonk,

Utilitaires : Wavegoodbye (conversion audio > MIDI),

Partitions : Musescore, Lily Pond (commerciaux : Finale, Sibelius, Notion, Harmony Assistant...)

Sonic Visualiser (Linux, Windows et Mac OS)
Ce n'est pas à proprement parler un éditeur, mais plutôt un outil d'analyse qui dispose de quelques fonctions de traitement.

Acousmographe : L’Acousmographe est un outil d’analyse et représentation des musiques électroacoustiques, et par extension, de tout phénomène sonore enregistré. Son développement est un projet au long terme né du besoin pour les compositeurs et musicologues de disposer d’outils de transcription des musiques non écrites, par des représentations graphiques et annotations textuelles synchronisées à l’écoute et aux représentations techniques usuelles du signal (amplitude - analyse spectrale).

PrettyFastFFT : un visualiseur de signal qui offre la particularité d'un très joli sonogramme 3D temps réel.

ASIO4All : l'indispensable pilote qui permet d'utiliser n'importe quelle carte son avec les logiciels "pro" et avec des latences correctes.

R8 Brain Free : convertisseur de fréquence d'échantillonnage de très haute qualité

Temps réel :

Eyesweb :

Visual Jockey :

Montage :